На мой взгляд, дело не в моделях, а в уровне кастомизации, предусмотренных разными подходами к ведению бизнеса / целевыми аудиториями. При решении типовых задач или на типовых производствах менеджер может руководить в отдельных случаях даже 200-300 сотрудниками. Так же и здесь. Предлагаем шаблон. Вам подходит? Хорошо. Не подходит - попробуйте поискать у 1С :)

извечный вопрос о том, что лучше - коробка или кастом. Ответа на него не существует, и независимо от положенных в основу технологий (будь хоть трижды SaaS) результат будет одинаковым - чем крупнее заказчик, тем больше работы для интегратора по подстройке продукта под заказчика. А SaaS-системы по большому счету рассчитаны на SOHO, который может работать по шаблонам, т.е. подстраиваться под продукт. И здесь его главное преимущество - аутсорсинг обслуживания.